İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa bünyesinde 12 Fakülte, 6 Enstitü, 1 Yüksekokul, 5 Meslek Yüksekokulu ve 17 Uygulama ve Araştırma Merkezi bulunmaktadır.

Fakülteler:

Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Florence Nightingale Hemşirelik Fakültesi
Mühendislik Fakültesi Spor Bilimleri Fakültesi
Orman Fakültesi Diş Hekimliği Fakültesi
Veteriner Fakültesi Eczacılık Fakültesi
Hasan Âli Yücel Eğitim Fakültesi İşletme Fakültesi (Kuruluş Aşamasında)
Sağlık Bilimleri Fakültesi İktisat Fakültesi (Kuruluş Aşamasında)

Enstitüler:

Adli Tıp ve Adli Bilimler Enstitüsü Nanoteknoloji ve Biyoteknoloji Enstitüsü
Lisansüstü Eğitim Enstitüsü Akciğer Hastalıkları ve Tüberküloz Enstitüsü
Kardiyoloji Enstitüsü Nörolojik Bilimler Enstitüsü

Yüksekokul:

Yabancı Diller Yüksekokulu

Meslek Yüksekokulları:

Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu Veterinerlik Meslek Yüksekokulu
Ormancılık Meslek Yüksekokulu Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu
Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu

Uygulama ve Araştırma Merkezleri: